15 ноября 1963 г. В пос. Протвино Московской области на базе филиала ИТЭФ создается Институт физики высоких энергий (директор — А. А. Логунов, научный руководитель — Н. Н. Боголюбов). Его целью было проведение фундаментальных исследований строения материи и основополагающих сил Природы на сооружаемом ускорителе протонов энергией 70 млрд электрон-вольт (ГэВ).Вопрос о необходимости создания протонного ускорителя на самую высокую в мире энергию был поставлен И. В. Курчатовым. Проект ускорителя был разработан коллективом физиков и инженеров ИТЭФ под руководством члена-корреспондента АН СССР В. В. Владимирского. Первоначально он предполагал сооружение протонного синхротрона на энергию 50 ГэВ. Однако после того как выяснилось, что в ускорителе с жесткой фокусировкой может быть эффективно преодолена область неустойчивости, проектная энергия ускорителя была увеличена до 70 ГэВ. В дальнейшем в проект вносились и другие изменения. В частности, была увеличена длина прямолинейных промежутков до размеров, позволяющих осуществить вывод ускоренного пучка из кольцевой камеры. В марте 1958 г. ЦК КПСС и Совет Министров СССР приняли решение о сооружении научно-исследовательского комплекса, включающего в себя ускоритель и установки для физических исследований. Сразу же после принятия этого решения начались проектные и проектно-изыскательские работы, включающие в себя выбор площадки для размещения комплекса. После рассмотрения около 40 вариантов была выбрана площадка в 15 км к западу от г. Серпухова на левом лесистом берегу реки Протвы, условно названная «Серпухов-7». И уже в январе 1960 г. здесь развернулась невиданная по своим масштабам научная стройка, а в 1962 г. создается филиал ИТЭФ под названием Институт физики высоких энергий. Придание ИФВЭ статуса самостоятельного института, оперативное создание работоспособного коллектива, ядром которого стали ученые и специалисты из Дубны, Москвы, Харькова и других городов страны, стало решающим фактором в форсировании работ по проектированию и сооружению ускорителя, экспериментальной базы и инфраструктуры нового научного центра. В двух километрах от технической площадки были развернуты работы по строительству жилого поселка со всеми необходимыми объектами городской инфраструктуры.При формировании ядра научного коллектива, выработке направлений первоочередных исследований, становлении международного научно-технического сотрудничества, особенно на первом этапе становления института, большую роль сыграл научный руководитель ИФВЭ академик Н. Н. Боголюбов. Еще до запуска ускорителя руководству ИФВЭ стало ясно, что новый научный центр с крупнейшим в мире ускорителем, в исследованиях на котором могут принимать участие ученые из всех институтов страны, должен стать общенациональным достоянием.Для выработки программы будущих исследований и координации работ в ИФВЭ был специально создан Научно-координационный совет, в состав которого вошли известные выдающиеся ученые из ИТЭФ, ОИЯИ, ФИАН, МГУ, МИФИ, ИАЭ им. И. В. Курчатова и других институтов. Физиков ИФВЭ в составе НКС было менее 30%. Решающее значение для принятия предлагаемых экспериментов имела их научная значимость, реальная ресурсная обеспеченность и разумный интервал времени до получения физических результатов.